Las tierras donde se emplaza la antigua Hacienda de San José del Altillo pertenecieron a los Itztlolinqui de Coyoacán, pero sus herederos las vendieron en el siglo XVII a Melchor Diez de Posadas. Su hijo Sancho, fue el dueño de las tierras aledañas al Altillo, las cuales, al fallecer su hija Josefa en 1729, se pusieron en venta (Abundis 2007, Volumen I: 735).

La Hacienda de San José del Altillo se encontraba en los límites de San Ángel, y Coyoacán. Lo delimitaban “la Hacienda de San Francisco de Borja de la Compañía de Jesús y las tierras del pueblo de Santa Cruz Atoyac al norte, la Hacienda de San Pedro Mártir y el barrio de Santa Catarina Ómac al oriente, el Pedregal del barrio de San Francisco, el Rancho de Copilco y el barrio de Oxtopulco al sur, y el rio de la Magdalena, el barrio de Chimalistac y la Hacienda de Santa Teresa y Guadalupe al poniente” (Abundis 2007 ,Volumen I: 735).La construcción data del siglo XVIII y fue una de las fincas más antiguas de la villa (Dubernard 1992: 35).

Martín de San Juan Barroeta, dueño de la Hacienda de Contreras y hermano del corregidor de Coyoacán, Pedro Antonio, aparece registrado en 1775 como propietario de la “Huerta del Altillo” (Abundis 2007, Volumen I: 735).
Al morir el general Francisco Manuel Sánchez de Tagle, Pedro Ignacio de Echevers cuarto marqués de San Miguel de Aguayo adquirió algunas de sus haciendas. “En los alrededores de la ciudad de México fue propietario de las haciendas de la Estrella en Iztapalapa, […] por otra parte se hizo de la Hacienda de San José del Altillo en los límites de Coyoacán y San Ángel” (Abundis 2007, Volumen I: 738) (Ladd 1984: 73).

José María Echevers o Valdivieso remodeló la casona de la Hacienda del Altillo hacia 1815. Un año después debido a que se eliminó su capacidad de crédito, además de la decadencia en las utilidades de sus haciendas, el Marqués de San Miguel de Aguayo se declaró en bancarrota. Falleció en 1836 heredando sus propiedades a su hijo José María Aguayo (Abundis 2007, Volumen I: 739).

Manuel Payno usó el escenario del casco de la hacienda para el desarrollo del penúltimo capítulo de su novela El fistol del diablo (Abundis 2007, Volumen I: 740).

Durante la invasión estadounidense, José María Aguayo decidió abandonar la hacienda tras conocer el desenlace de la Batalla de Padierna, dejándola al cuidado de sus empleados (Abundis 2007, Volumen I: 740), además durante este episodio de la historia nacional el inmueble fue usado como cuartel del Regimiento de Pennsylvania y las tropas de los generales Twiggs y Pillow se alojaron en sus alrededores por algunos días (Dubernard 1992: 56) (Abundis 2007, Volumen I: 740). Winfield Scott, general en jefe del ejército invasor, pernocto en la casona la noche del 20 de agosto, luego de la derrota en el convento de Churubusco (Abundis 2007, Volumen I: 740).

Los soldados de las compañías de San Patricio que habían desertado del ejército estadounidense permanecieron presos hasta 1848 en los cuartos de servicio y macheros de la hacienda, que fueron destruidos al construirse las nuevas viviendas de los misioneros del Espíritu Santo en el siglo XX. I. Egbert Parraume miembro del primer regimiento de voluntarios de Pensilvania y originario de Pottsville, dejó constancia de su estancia en la casona por medio de un grafito que se localiza en la parte posterior de una de las puertas del muro occidental del llamado Cuarto de los Muñecos. La familia volvió a ocupar la casa después de la partida de los enemigos (Abundis 2007, Volumen I: 741).

Durante la visita de los emperadores en julio de 1866 para la inauguración del ramal entre Tacubaya y San Ángel del Ferrocarril de Circunvalación de Valle de México, la emperatriz Carlota fue recibida con un banquete y un baño en el placer de la casona del Altillo (Abundis 2007, Volumen I: 741). El Altillo aparece registrado en 1903 como uno de los "ranchos" que pertenecían a la municipalidad de Coyoacán (Leduc y Lara y Pardo 1910: 214) (Novo 1962:91).

Fue declarado como Monumento Histórico el 28 de abril de 1932 según la Comisión de Monumentos en el Archivo de la Dirección de Monumentos Históricos, ya que no existe oficio de comunicación de la declaratoria, dirigida al propietario (Prieto 1979: 62, 64).

Maximino Ávila Camacho, secretario de Comunicaciones y Obras Públicas, obligó a la señora Aguayo por medio de su hermano, el presidente de la Republica, a vender varios lotes de la Hacienda para poder abrir una calzada al sur de la calle real o Francisco Sosa (Abundis 2007, Volumen I: 742). La construcción de la avenida Taxqueña en 1940, llamada después Miguel Ángel de Quevedo, partió la hacienda en dos secciones (Aguilar 1979: 50).

Elena Aguayo Ibarra de Piña, hija de José María Aguayo, fue una mujer longeva que alcanzó la edad de 104 años (Abundis 2007, Volumen I: 742). Al fallecer en 1948, sus hijos tenían la intención de fraccionar la hacienda y la casona; el Instituto Nacional de Antropología e Historia no autorizó la demolición de la casona. La familia tenía nexos con los misioneros del Espíritu Santo. Elena Piña y Aguayo compró las partes que correspondían a sus hermanos y donó la casona a los misioneros del Espíritu Santo en 1949 (Abundis 2007, Volumen I: 743).

En el año de 1950 las caballerizas habían desaparecido, dando paso a las habitaciones que ocupan el actual edificio de vivienda de los misioneros. Esta obra fue emprendida por el padre José Guzmán ecónomo de la comunidad y el arquitecto Miguel Girald, relatado por el Cor Unum, Órgano Informativo interno de los Misioneros del Espíritu Santo en noviembre de 1951 (García 2010:17).

Los misioneros del Espíritu Santo decidieron edificar una nueva Capilla en donde se encontraban las habitaciones de servicio. Primero se lo encargaron al ingeniero Luis Barragán, pero no les satisfacio el proyecto (Abundis 2007, Volumen I: 746).

En 1957, bajo la dirección del padre Corona, se terminó la construcción de la capilla de líneas modernistas diseñada por el arquitecto Enrique de la Mora, con cubierta de bóveda de cascarón proyectada por el arquitecto Félix Candela, y un gran vitral realizado por la artista Kitzia Hofmann que representa simbólicamente los atributos del Espíritu Santo (Flores 1968: 65) (Everaert 1992:56) (Octavio 1995: 8) (Comisión de Arte Sacro).

En el proyecto se delimitó el área religiosa con un muro que marca el espacio del atrio, en donde se colocó el Vía Crucis, creado por el escultor Herbert Hofmann (Octavio 1995: 8). El interior de la iglesia del Altillo alberga una escultura en bronce de tres metros de altura que representa a Nuestra Señora de la Soledad, obra también del mismo Hofmann. En la parte inferior del templo se encuentra una capilla donde reposan los restos de Concepción Cabrera de Armida (1862-1937), quien se dedicara a difundir las obras de la Cruz.

En la década de 1960-1970 Manuel Arango compró, urbanizó y fraccionó los lotes pertenecientes al Altillo, para construir una planta industrial, un laboratorio farmacéutico, un centro nocturno y un gran centro comercial (Abundis 2007,Volumen I: 742).
En 1965 y 1988 se autorizaron algunas modificaciones en la ex hacienda del Altillo (Expediente Ex Hacienda del Altillo) y fue incluida en el decreto de Zona de Monumentos Históricos de 1990 (Salinas 1990: 15).

El conjunto del Altillo cuenta con un "Centro de espiritualidad" y una librería dedicada a la venta de obras y artículos religiosos (Comisión de Arte Sacro). Debe mencionarse la existencia, en ese lugar, de una colección de retratos de los doce apóstoles al pastel conocida como "El apostolado” que compro el Marques de Aguayo a José Luis Rodríguez Alconedo (Everaert 1997) (Abundis 2007 ,Volumen I: 739).

La huerta del Altillo se encontraba rodeada por una barda de piedra, que evitaban que los extraños robaran los frutos. Aún se conservan secciones de esta barda las cuales cercan el estacionamiento del centro comercial ubicado en la equina suroeste del cruce de las avenidas Universidad y Miguel Ángel de Quevedo; durante la actualización de 1995 se catalogó esta sección bajo la clave 090040450001, pero en el año 2020 la información de esa ficha se agrego a la presente. Otras secciones restantes son la situada detrás de la panificadora en la esquina sureste al igual que la del lindero oriental del laboratorio farmacéutico en la esquina noreste (Abundis 2007, Volumen I: 746).

Este inmueble es Monumento Histórico de acuerdo a los artículos 35 y 36 fracción I de la Ley Federal sobre Monumentos y Zonas Arqueológicos, Artísticos e Históricos publicada en el Diario Oficial de la Federación, el 6 de mayo de 1972, que establece: “por determinación de esta Ley son monumentos históricos: Los inmuebles construidos en los siglos XVI al XIX, destinados a templos y sus anexos; arzobispados, obispados y casas curales; seminarios, conventos o cualesquiera otros dedicados a la administración, divulgación, enseñanza o práctica de un culto religioso; así como a la educación y a la enseñanza, a fines asistenciales o benéficos; al servicio y ornato públicos y al uso de las autoridades civiles y militares y las obras civiles relevantes de carácter privado realizadas de los siglos XVI al XIX inclusive” (Ley Federal sobre Monumentos y Zonas Arqueológicos, Artísticos e Históricos 1972: 9).

El inmueble está enlistado en el Decreto de Zona de Monumentos Históricos de Coyoacán (Decreto por el que se declara una zona de monumentos históricos en la Delegación Coyoacán 1990: 15).