El inmenso atrio de San Juan Bautista tenía tres arcadas de acceso de estilo plateresco, en las que se apreciaba el trabajo de la mano indígena; el principal se localiza al poniente, y es el único que se conserva en su ubicación original; el del norte, reubicado en un costado del templo muestra aún la talla del siglo XVI; el tercero desapareció (McAndrew 1965: 268) (Villarruel 1995: 27). Por sus características McAndrew describió la entrada atrial principal como uno de los más hermosos ejemplos de su género (McAndrew 1965: 230).

Se tienen datos que indican que el arco atrial del poniente, ubicado en la calle Tres Cruces, frente a la de Francisco Sosa, fue reparado en 1938, gracias a la iniciativa de un grupo de ciudadanos que fundaron quizás la primera sociedad de amigos de un determinado centro de población del país (Aguilar 1979: 51) (Everaert 1992: 111).

Derivado del sismo del 19 de septiembre de 2017, el personal de la Coordinación Nacional de Monumentos Históricos del INAH, llevó a cabo una serie de visitas para valorar y reconocer los daños en los inmuebles históricos de la Ciudad de México, en la visita al Templo de San Juan Bautista, se pudo observar en el acceso al atrio un desprendimiento y un derrumbe en el remate de la esquina superior sur poniente y de una de las gárgolas.