Desde el siglo XVI ya había franceses radicados en México. Para el siglo XVIII, algunos de ellos, tenían negocios como los que se encontraban en el Parían. En 1789, con el 2do. conde de Revillagigedo vinieron franceses de varias profesiones como médicos, arquitectos, modistos y carroceros.
En 1838 se efectuó la famosa “Guerra de los Pasteles,” que llevó a cabo Francia contra México y después de la cual, algunos soldados decidieron quedarse aquí, aumentando así el número de la población francesa en nuestro país.
En noviembre de 1842 un grupo de cuarenta residentes franceses se reunieron para fundar la “Sociedad Francesa de Previsión” con el objeto de ayudar a todos los miembros de la colonia francesa. Para 1847 ya se habían incorporado ciudadanos suizos y en 1860 se incorporan los belgas, llamándose entonces Sociedad de Beneficencia Franco, Suiza y Belga; sin embargo, en los documentos de archivo consultados, hasta 1876 aparece como tal, por tanto consideramos esta última fecha como la verdadera.
Durante la época de la intervención francesa se incrementó el número de franceses radicados en México pero también aumentó la cantidad de decesos, por lo que fue necesaria la construcción de un cementerio particular. Los primeros soldados franceses muertos en ese período fueron enterrados en el camposanto de Santiago Tlaltelolco por lo que, aprovechando que se construiría un cementerio, el mariscal Bazaine solicitó que una parte de él se reservara para dichos soldados. Esto, aunado a que la colonia francesa quería tener su propio cementerio como los ingleses y norteamericanos, fue el motivo para que la Sociedad Francesa quisiera fundarlo.
El 23 de septiembre de 1864, Miguel María de Azcárate, prefecto civil del Distrito de México otorgó el permiso para adquirir un terreno y destinarlo a cementerio para los franceses residentes en el país. Dicho terreno, localizado el sur de la capital, cerca del puente de hierro de la Piedad, tenía 21,000 varas cuadradas y llenaba los requisitos de sanidad necesarios. El Marqués de Montholon, Ministro plenipotenciario de Francia en México y el jefe del ejército francés, el general Bazaine, apoyaron la idea. El terreno fue resultado de la unión de varios predios pertenecientes a Florentino Rosales, Domingo Paredes, Gertrudis Rosas e hijas y Víctor Bareau.
En las escrituras no existe ningún plano, pero por la investigación (Herrera 2013) sobre el panteón y de la cual se toman todos los datos, se sabe que era un rectángulo de 100 por 210 varas. Aunque tampoco se ha encontrado ningún plano del proyecto, por el mismo estudio, se supone cual era el diseño realizado por el capitán Mathieu y que el mariscal Bazaine nombró al capitán Jacob Phillipe para dirigir los trabajos y algunos hombres para supervisarlos, así como llevó a cabo una fiesta de beneficencia para su construcción. El proyecto consistía en dos calles principales en cruz que lo dividían en cuatro y al centro con una fuente. En la parte hacia la hoy Avenida Cuauhtémoc estaba la entrada principal con una franja jardinada y con la casa del administrador y por la otra calle, hoy Eje 3 Sur, la entrada de las carretas, que aún se conserva, así como las 32 manzanas originales.
En 1872 se ratificó el permiso de concesión, en virtud del artículo tercero de la Ley de 31 de julio de 1859. Debido a la buena administración que había, las familias de la alta sociedad mexicana comenzaron a llevar sus muertos a este panteón. En 1876, el presidente de la Sociedad, Enrique Dupèrou, compró un terreno contiguo al panteón de 59, 385 varas cuadradas. Para 1878 sólo existía una clase y los precios variaban para los franceses, suizos y belgas, y de otras nacionalidades. A los primeros por siete años se les cobraba por inhumación $35.00 y a perpetuidad $160.00 y a los segundos $100.00 y $300.00 respectivamente. Los hijos de los primeros pagaban $20.00 y $80.00 y los de los segundos $40.00 y $160. Se cobraba además $1.00 por apertura de fosa y no podía establecerse ninguna división en el local con objeto de inhumar individuos de determinada secta o religión.
En 1890 se edifica la capilla del Sagrado Corazón, que remata la calle principal del panteón, y cuyo autor es el francés E. Desormes. Con el gobierno de Porfirio Díaz se propició la inversión extranjera y un buen número de franceses llegaron a México con el objetivo de fundar grandes establecimientos comerciales, así que la colonia francesa aumentó considerablemente. Durante esa época el panteón se llenó de grandes monumentos pertenecientes a familias tanto francesas como mexicanas de la élite porfirista, por lo que se considera como la de mayor auge en su historia.
En 1888 se aprobó el Reglamento del Cementerio, el Reglamento del Osario y las tarifas de la Capilla del Sagrado Corazón. El reglamento contaba con 26 artículos, el del Osario estaba compuesto por 7 artículos, entre los que se señalaba que dicho osario se componía de 120 nichos, que serían a perpetuidad y una cripta para recibir las cenizas de los cadáveres, cuyas concesiones se hubieran vencido y no hubieran sido pagadas. Las tarifas de servicios fúnebres de la capilla del Sagrado Corazón se dividían en dos clases. Los precios de la primera clase variaban entre $250.00 el más caro, con un sacerdote, cuatro acólitos, 18 instrumentos y ocho cantores y con la capilla decorada completamente de negro con escudos e iniciales y la más barata de $80.00, con un sacerdote, dos diáconos, cuatro acólitos y seis ejecutantes y con la capilla decorada con paños negros en la entrada y en el altar. Los de la segunda clase variaban entre $60.00 el más caro, con un sacerdote, dos diáconos, cuatro acólitos, harmonium y dos cantores y la capilla decorada con paños negros en la puerta principal y la más barata era de $6.00, en la que el sacerdote sólo bendecía la fosa.
El terreno del panteón se aumentó nueve veces más: en 1902 con 3,511.22 m2; dos veces en 1903 m2, con 8,707.00 m2 y 434.00 m2; en 1917, con 5, 338.00 m2; en 1920 con 12,044.00 m2; dos veces en 1921, con 3603.40 m2 y 3,933.00 m2; en 1922, con 338.00 m2; y en 1938, con 396.18 m2, siendo un total de 105,391.05. Posteriormente tuvo una afectación de 396.18 m2 quedando 104,997.87 m2. Como los terrenos tenían servidumbre de paso y éstas quedaron dentro, actualmente tiene poco más de 105,000 m2 .
Después de terminada la primera Guerra Mundial se erigió un gran monumento, a la derecha de la entrada, en memoria de los franceses de México, muertos durante la guerra. A partir de entonces cada año se celebra una ceremonia, para conmemorarlos.
El cementerio continuó desarrollándose hasta 1940, cuando fue clausurado, debido a que se encontraba saturado. Por este motivo, y con el fin de continuar atendiendo las necesidades de sus asociados, la Sociedad Franco, Suiza y Belga de Beneficencia estableció el Panteón Francés de San Joaquín en 1942. En 1984 se estaba iniciando la venta de nuevos espacios, utilizando áreas que servían para circulación y después de los sismos del 85 se incrementó esta venta. En la década de los noventa, del siglo XX, se incorporaron ciudadanos mexicanos a la Sociedad, por lo que actualmente se llama Sociedad Franco, Mexicana, Suiza y Belga y está encargada de la administración de los dos panteones y de otras instituciones de beneficencia. (Herrera 2013)