Se ignora la fecha de su construcción. En el Archivo de Bienes Nacionales no hay expediente que se refiera a esta capilla. Una de las pocas capillas del tipo primitivo que conservan su atrio limitado por tapias de adobe que rematan arcos invertidos, tiene el techo de envigado con zapatas y sencillo campanario.
Jorge Enciso afirma que la capilla fue edificada por los frailes franciscanos durante el siglo XVI, quienes originalmente la dedicaron a san Francisco de Asís, sin embargo, se le conoció popularmente como "san Jeronimito", quizá por su exigüidad, o por el puente que llevó durante muchos años el nombre de san Jerónimo.
Cuando la epidemia de Matlazahuatl asoló a la ciudad en 1737 esta capilla y los terrenos anexos fueron utilizados como camposanto; y poco después quedó suspendido el culto. A solicitud de los vecinos se abrió nuevamente al culto el 24 de octubre de 1861. "En junio de 1933, presentaba un cobertizo en la entrada principal del templo, además de construcciones agregadas, habitación y corral en atrio, un jacal que se apoya en muros del edificio."
Jorge Enciso, 26 de noviembre de 1931. (AHJECNMH-INAH)

En febrero de 1966 existía un puesto de expendios de tacos instalado sobre la barda del templo.
El 26 de noviembre de 1959, un autobús de la línea Xochimilco se impacta en la barda atrial, produciendo un impacto en la barda atrial, producto de lo anterior se realizan obras para aumentar la altura de los muros de la barda.
En abril de 1966, se derrumban las casas contiguas al templo afectando su cubierta; se apuntalan provisionalmente las vigas flexionadas y apolilladas, asimismo se realizan trabajos de limpieza general en azotea y gárgolas, impermeabilización con escobillado de mortero cemento-arena y enladrillado.
En agosto de 1970 se construye una bodega unida al muro sur de la capilla, perjudicándola. A causa de las lluvias del 4 de octubre de 1976 se desploma el techo del templo. En 1978 el aspecto del conjunto era deprimente dado que se encuentraba en ruinas y el atrio era usado como basurero, donde convivívan niños de la calle y vagabundos.
Tiempo después, el Padre Chinchachoma, Alejandro Garcia-Duran de Lara, sacerdote escolapio, fundador de los Hogares Providencia, realiza actividades humanitarias con "niños de la calle" que vivían en la capilla.
En noviembre de 1980 la Secretaría de Asentamientos Humanos y Obras Públicas, efectúa trabajos de reintegración de cubierta (a base vigueta, bovedilla, viguería de madera), reposición de faltantes de vigas de madera en interior de techo, ventanas, integración de aplanados, etc.
Dia del Santo Patrono: San Jerónimo, 30 de septiembre de cada año.
SEDUVI: "Inmueble afecto al patrimonio cultural urbano de valor histórico por el Instituto Nacional de Antropología e Historia, dentro de los polígonos de Área de Conservación Patrimonial".
Investigación histórica: Mtro. Arq. Juan Manuel Vassallo Morales, 2007, 2009, 2016 y 2020.