Este edificio ocupa el sitio en el que estuvieron, en el siglo XVI, las casas del Mayorazgo de Guerrero y de la mujer del tesorero Alonso de Estrada la que, entre sus apellidos, tenía el de Flores, por lo que el portal de estas casas tomó dicho nombre; además, en este lugar se instalaba un mercado de flores.

En 1935, los arquitectos Federico Mariscal y Fernando Beltrán realizaron y firmaron el proyecto para la edificación del Departamento Central. La construcción del inmueble se inicio en 1942. Al abrirse las zanjas para la nueva cimentación, se encontraron restos de construcciones prehispánicas, piezas arqueológicas, un chac mol, entre otras, un juego de pelota y restos de cimentación colonial.

La fachada se realizó igual a la del antiguo Ayuntamiento; las jambas de puertas y ventanas ostentan motivos tallados sobre modelos del convento de San Agustín de Querétaro.

Se cataloga como monumento por ser obra de dos arquitectos de renombre. Incluido en el Decreto publicado en el Diario Oficial de la Federación el 11 de abril de 1980, en el cual se declara la Zona de Monumentos Históricos del Centro Histórico de la Ciudad de México.