Formó parte del convento de religiosas concepcionistas que fue fundado en 1610 con el título de Sata María de Gracia, a instancias del arzobispo García Guerra y bajo el patronato del doctor Fernando de Villegas, Rector de la Universidad, quien adquirió las casas del recogimiento voluntario para mujeres casadas y viudas de Santa Mónica. La primera piedra del templo se colocó en 1653, y fue dedicado en 1661 bajo el patronato de Juan Navarro de Pastrana. El convento fue reconstruido de 1659 a 1661 por el mismo patrón del templo quien, en 1665, fabricó además el noviciado y la enfermería. En 1863, el convento quedó a disposición del Ministerio de Guerra que utilizó parte del edificio como cuartel; el resto se fraccionó en lotes para casas habitación. El templo fue adquirido, en 1871 por la iglesia presbiterana.

En su origen, este convento fue casa de recogimiento voluntario de mujeres casadas y viudas, bajo la advocación de Santa Mónica. A principios del siglo XVII, el arzobispo de México, fray García Guerra determinó fundar y erigir un convento de monjas unido a dicha casa de recogimiento, para lo cual solicitó y obtuvo la autorización papal. Por su parte el doctor Fernando de Villegas, Rector de la Real y Pontificia Universidad de México ofreció construir las viviendas necesarias y entregar anualmente dos mil pesos para la subsistencia de las religiosas, a condición de que se le diera el patronato del convento que llevaría el título de Santa María de Gracia, la incorporación de sus ocho hijas y su suegra al mismo y el nombramiento de dos fundadoras. Todo le fue admitido en octubre de 1610.

Una vez que falleció el doctor Villegas, su hijo Diego se negó a dar los dos mil pesos anuales y, por tanto, la construcción empezó a deteriorarse. Las monjas "así permanecieron hasta el año de 1658 en que, por amenazar ruina la iglesia, la pasaron a la sala que servía de portería; demolieron el antiguo templo y abrieron los cimientos para uno nuevo, faltándoles caudal para proseguir la obra". Fue así que don Juan Navarro de Pastrana, castellano avecindado en México, ofreció levantar la iglesia, que se había de dedicar bajo el título de "San José de Gracia". Las monjas aceptaron al nuevo patrono y el 19 de marzo de 1659 éste colocó la primera piedra, "poniendo en los cimientos varias monedas y una lámina de bronce, en que estaban grabados el día, los nombres de los que gobernaban y las circunstancias de la fundación. La obra se concluyó en dos años ocho meses; el mismo patrono adornó el templo con retablos y donó alhajas para el culto; la solemne bendición fue el 24 de noviembre de 1661". (Rivera 1880: 197-198.) La construcción le ha sido atribuida al arquitecto Diego de los Santos Ávila, El Viejo. (INDAABIN, "Reseñas Históricas de Inmuebles Federales") En 1664 murió el nuevo patrono, quien legó a la comunidad sus bienes y dejó ordenado que se edificaran la enfermería y el noviciado. (Orozco y Berra 1867: 146) Lo sucedió su sobrino homónimo. Estas monjas guardaban la regla de las concepcionistas.

En 1840, en el convento tuvo origen la devoción de la beata Magdalena del Señor José, promovida en honor de la que se ha llamado la Divina Infantita, a la que hasta nuestros días se le rinde ferviente culto. En 1863 las religiosas fueron exclaustradas y el 1 de marzo de ese año, gran parte del monasterio se destinó para cuartel y el resto se fraccionó en lotes para casas habitación.

Se tiene noticia de que el templo fue adquirido en 1869 por la Iglesia Anglicana y, poco después, en 1871, definitivamente por la Iglesia Presbiteriana.

En 1987 se llevaron a cabo obras de restauración. (INDAABIN, "Reseñas Históricas de Inmuebles Federales").

Por haber sido una iglesia conventual de monjas posee planta de una sola nave con dos portadas de cantera paralelas sobre un costado. Éstas tienen arco de medio punto en el vano de ingreso, en tanto que en jambas, pilastras y paramentos poseen sillares recortados que se disponen de manera horizontal en una sección y en la otra dobles y verticales, diseño que fue muy popular en la arquitectura de la Ciudad de México de la segunda mitad del siglo XVII. (Arquitectura Religiosa de la Ciudad de México 2004: 173.)