Fundación conventual de la Orden de la Limpia Concepción de Nuestra Señora. Se estableció en 1578, a instancias de Pedro Tomás Denia y Gregorio Pesquera, para alojar a las descendientes de los conquistadores. Quedó bajo el Patronato Real; según la tradición, allí profesó una hija ilegítima de Felipe II. La mayor parte del solar fue propiedad del conquistador Juan Jaramillo. Desde sus inicios, apoyaron el proyecto el alcalde Bernardino Albornoz y el arzobispo Pedro Moya de Contreras.

El 21 de enero de 1578 se expidió el permiso para establecer la vivienda y la iglesia y en 1580 las religiosas tomaron posesión del convento, el que fueron agrandados con la compra de casas adyacentes.

Por orden del papa Gregorio XIII se acordó que el convento siguiera las reglas del de la Concepción, que las monjas vistieran el mismo hábito y que tendría por nombre Convento de Jesús María (Rivera 1880) (AGCNMH- INAH). También se estableció que debían seguir algunas ordenanzas dispuestas y corregidas por Thomas Denia y el arzobispo Pedro Moya de Contreras.

Fue inaugurado por "siete religiosas, dirigidas por la abadesa Isabel Bautista. Aunque dedicadas a la enseñanza de niñas, las monjas cobraron fama por la exquisitez de los dulces que elaboraban. El convento estuvo inicialmente en una pequeña casa a un costado de la iglesia de la Santa Veracruz" (Enciclopedia de México 1985: 228). De treinta y nueve jóvenes que quisieron tomar los hábitos, sólo fueron admitidas trece, por falta de recursos. Consciente del problema de solvencia económica, Pedro Thomas Denia viajó a España en busca de la protección real para la institución. Después de varios meses de infructuosos intentos, logró entregar al rey Felipe II una carta enviada por el arzobispo Moya de Contreras. El rey le comunicó que el deseo manifestado en dicha carta sería cumplido y así, el 4 de febrero de 1583 expidió una Real Cédula en la que recibía bajo su Real patronato y protección al Convento de Jesús María. Dispuso también que, durante veinte años, cierta cantidad de las encomiendas se destinaran para la construcción de un edificio notable y para las necesidades de las religiosas (González 1991: 165-173). Por tanto recibió el título de Real.

Las fuentes coinciden al afirmar que la solicitud de apoyo real fue cumplida debido a que una hija natural del rey Felipe II, llamada Micaela de los Ángeles, estaba enclaustrada en este convento, quien además, era hija de la hermana del arzobispo Moya de Contreras (Apuntes del Centro Documental de la Dirección Nacional de Sitios y Monumentos) (Tovar 1991: 91) (Ruiz 2004: 171) y que tuvo por halla a la madre Isabel Bautista (Álvarez 1987: 1721). Doña Micaela se volvió loca a los trece años, así vivió en un cuarto con todas las comodidades, hasta que murió siendo muy joven (Rosell 1961: 265).

Desde 1582, con el permiso del virrey Lorenzo Suárez de Mendoza, el convento se trasladó a un inmueble de la calle que conserva el nombre de Jesús María y que con el tiempo ocupó "la mayor parte de la manzana comprendida entre las calles de la Acequia (Corregidora), Chiquis (Academia), Estampa de Jesús María (Jesús María) (Cossío 1990: 92). El virrey, acompañado de oidores y personas notables, tomó posesión del convento, lo cual narra, en su obra Paraíso Occidental, Carlos de Sigüenza y Góngora (Rivera 1880: 160).

Entre 1618 y 1621 fue objeto de varias reparaciones, época en la que se le anexaron varias oficinas que le hacían falta. Intervino en algunas de estas obras el arquitecto Alonso Martínez López, maestro mayor de la Catedral. El claustro actual se concluyó en 1775 y en él también efectuó algunas obras el arquitecto Ildefonso de Iniesta Bejarano y Durán (AGCNMH- INAH).

En 1861, al ser exclaustradas las religiosas, 29 de ellas pasaron al convento de Regina Coeli. Durante la intervención francesa volvieron a tomar posesión de sus antiguas propiedades, pero al restaurarse la República se extinguió la comunidad y el inmueble pasó a manos de la Beneficencia Pública con el fin de convertirlo en un hospital para menesterosos. Sin embargo, el proyecto no prosperó y en 1874 el predio fue fraccionado en 31 lotes. Algunos de ellos fueron cedidos por el gobierno de la República a la Escuela de Artes Gráficas para Mujeres, otros a la familia del general Ignacio Zaragoza, en compensación por sus servicios, y el resto fue vendido a particulares.

Actualmente el inmueble está custodiado por el INAH y resguarda piezas y archivos.