El antiguo templo de San Francisco se localiza actualmente en la calle Puente San Francisco, continuación de la calle San Francisco, que une la avenida Miguel Ángel de Quevedo con un costado de dicho templo. Esta vía se ha caracterizado por su forma sinuosa y ascendente, y también por su piso de piedra volcánica (Aguilar 1979: 47-48).

El templo fue edificado en el siglo XVI. La construcción original era una capilla abierta que fue modificada en el siglo XVIII ("Edificios coloniales, artísticos e históricos de la República Mexicana que han sido declarados monumentos" 1939: 12) (exp. Templo de San Francisco). El cronista Luis Everaert Dubernard menciona que el inmueble fue edificado por los padres dominicos, siendo este originalmente una capilla abierta de tres arcos, de los cuales se tapiaron el primero y el tercero (Dubernard 1997), pero Jaime Abundis (2007, Volumen I: 670) (2014: 67) indica que la fundación del inmueble fue obra de la orden franciscana, siendo estos los encargados de la evangelización de los poblados cercanos a la ribera del lago, junto a otros sitios como Santa Cruz Atoyac y San Sebastián Icpaltitlán, pero para el año de 1569, la atención de la capilla fue cedida a la orden dominica, quienes ya estaban establecidos en San Juan Bautista; los predicadores cumplieron esta función hasta la secularización de 1753.

Dos de sus arcos fueron tapiados al construir, probablemente en el siglo XVII, el templo actual aprovechando la misma capilla. Su tipo de arquitectura, que ofrece la originalidad antes dicha, motivó que los vecinos del lugar propusieran declararlo monumento (Dubernard 1995: 55 y 89).

En 1945 en la pared del costado derecho del templo de San Francisco, fue enterrado el dedo del cristero Francisco Javier Hernández, fallecido el 20 de mayo de 1932.

La antigua capilla de San Francisco se cerró al culto a raíz del proyecto del arquitecto Gorbea de construir un nuevo templo a mediados del siglo XX (Dubernard 1997).

La torre, desplantada sobre un "tronco" en forma de pirámide, así como el interior, fueron construidos en el siglo XVIII (Dubernard 1995: 55 y 89) (Enciso 1936: s/f) y que, en palabras del cronista Luis Everaert Dubernard, es de las más hermosas del sur del valle de México debido a su el arranque en forma piramidal y vistosos cornisamentos de argamasa (Dubernard 1997).

Debido a que el techo de este edificio estaba en muy mal estado, se iniciaron obras de reparación en septiembre de 1996. En la gestión de estos trabajos participaron los vecinos del barrio de San Francisco, Luis Everaert cronista de Coyoacán, y Luis Castro, subdelegado de Cultura de la delegación Coyoacán. Para agilizar las obras y prevenir accidentes en ese mes, el templo se encontraba cerrado al culto. Entonces los arcos cegados de la capilla lucían dos conjuntos de mosaicos que representan la vida de San Francisco de Asís (Barbabosa 1996).

El antiguo templo de San Francisco conserva la portada del siglo XVI (Dubernard 1995: 50), con pilastras de ornato –característico de esa época–(exp. Templo de San Francisco), los arcos (Dubernard 1992: 89) y las impostas ("Edificios coloniales, artísticos e históricos de la República Mexicana que han sido declarados monumentos" 1939: 12).

Derivado del sismo del 19 de septiembre de 2017, el personal de la Coordinación Nacional de Monumentos Históricos del INAH, llevó a cabo una serie de visitas para valorar y reconocer los daños en los inmuebles históricos de la Ciudad de México, en la visita al antiguo Templo de San Francisco, se observó desprendimiento de material, algunas fracturas en la torre campanario, desprendimiento de algunos elementos ornamentales y algunas fisuras.

En 1936 el inmueble capilla abierta anexa al Templo de San Francisco fue declarado Monumento Histórico por el Depto. de Monumentos Artísticos, Arqueológicos e Históricos de la SEP, dicha declaratoria incluye el templo (Vázquez 1936: s/f).

El 8 de julio de 1959, la Secretaría de Educación Pública emitió un documento en el que se declara “Monumento Histórico”, todos los edificios religiosos de propiedad Nacional construidos entre los siglos XVI y XIX (Torres 1959: f. 6).

Este inmueble es Monumento Histórico de acuerdo a los artículos 35 y 36 fracción I de la Ley Federal sobre Monumentos y Zonas Arqueológicos, Artísticos e Históricos publicada en el Diario Oficial de la Federación, el 6 de mayo de 1972, que establece: “por determinación de esta Ley son monumentos históricos: Los inmuebles construidos en los siglos XVI al XIX, destinados a templos y sus anexos; arzobispados, obispados y casas curales; seminarios, conventos o cualesquiera otros dedicados a la administración, divulgación, enseñanza o práctica de un culto religioso; así como a la educación y a la enseñanza, a fines asistenciales o benéficos; al servicio y ornato públicos y al uso de las autoridades civiles y militares y las obras civiles relevantes de carácter privado realizadas de los siglos XVI al XIX inclusive” (Ley Federal sobre Monumentos y Zonas Arqueológicos, Artísticos e Históricos 1972: 9).